تلاوت قران
در دیدار آیت الله نجفی مرعشی با امام زمان(عج) مورد تأکید حضرت قرار گرفته است وصیه بر تلاوت و قرائت قرآن بوده است که حضرت (عج) فرمودند: بعد از نمازهای واجب بر تلاوت و قرائت این
سوره ها مداومت نما. بعد از نماز صبح سوره "یس" بعد از نماز ظهر سوره "عمّ" بعد از نماز عصر سوره ی "عصر" بعد از نماز مغرب سوره ی "واقعه" و بعد از نماز عشاء سوره ی "ملک".
همچنین حضرت حجت(عج) برخواندن قرآن و هدیه کردن ثواب آن برای شیعیانی که وارثی ندارند یا دارند ولی یادی از آنها نمی کنند تأکید فرمودند.
نماز
از دیگر مطالبی که در دیدار آیت الله نجفی مرعشی با حضرت (عج) مورد تأکید قرار گرفت دو رکعت نماز بین نماز مغرب و عشاء بود که حضرت(عج) فرمودند که در رکعت اول بعد از حمد هر سوره ای خواستی می خوانی و دررکعت دوم بعد از حمد سوره ی واقعه را می خوانی و فرمودند: این نماز کفایت می کند از خواندن سوره ی واقعه بعد ازنماز مغرب که خواندن سوره ی واقعه بعد از نماز مغرب را مورد تأکید قرار داده بودند.
تعقیبات نماز
همچنین حضرت (عج) تأکید فرمودند که: بعد ازنمازهای پنجگانه این دعا را بخوان:"اَللّهُمَ سَرّحْنى عَنِ الهُمومِ وَالْغُمُومِ ووَحْشَةَ الصّدرِ و وَسْوَسَةِ الشَّیطان بِرَحمتِکَ یا اَرْحَمَ الرَّاحِمینَ."
همچنین تسبیح حضرت زهرا (سلام الله علیها) مورد تأکید خاص حضرت (عج) قرار گرفت.
از دیگر تأکیدات حضرت(عج) خواندن دعایی در ذکر رکوع نمازهای یومیه مخصوصا رکعت آخر است که فرمودند: "اَللّهُمَ صَلِ عَلى مُحمّدٍ وَآلِ محمّد و تَرَحَّم عَلى عَجزِنا وأَغِثْنا بحقِّهِم."
نماز شب
از دیگر سفارشات حضرت ولی عصر(عج) به آیت الله مرعشی خواندن نماز شب بوده است و فرمودند: "ای سید! تأسف براهل علمی که عقیده شان انتساب به ماست و لکن این اعمال را ادامه نمی دهند."
نهج البلاغه وصحیفه سجادیه
از دیگر سفارش های حضرت مطالعه وحفظ نهج البلاغه ونیز حفظ دعاهای صحیفه سجادیه است بخصوص تاکید برحفظ خطبه شقشقیه امیر المومنین(ع) وحفظ خطبه حضرت زینب (س) در مجلس یزید ملعون را داشتند.
سادات
حضرت حجت(عج) در دیداربا آیت الله نجفی مرعشی از جمله براحترام ذریه ی سادات به ایشان توصیه و سفارش فرمودند و سپس به ایشان فرمودند: "قدر خود را به خاطر انتساب به اهل بیت (علیهم السلام) بدان و شکر این نعمت راکه موجب سعادت و افتخار زیاداست به جای آور.
زیارت حضرت سید الشهدا(ع)
از دیگر سفارشات مۆکد حضرت بقیه الله(عج) توصیه بر زیارت حضرت سیدالشهداء (علیه السلام) است که فرمودند: "از دور و نزدیک بر این زیارت مداومت کنید و نیز زیارت سایر اولاد ائمه (علیهم السلام) و صالحین و علما را نیز مورد تأکید قرار دادند.
تحریف قران
از دیگر مسائلی که در تشرف آیت الله مرعشی به محضر امام عصر(عج) مطرح گردید انکار شدید بر کسی که قائل به تحریف قرآن است بود که حتی ایشان بر افرادی که احادیث تحریف را جعل کرده و قرار داده اند نفرین فرمودند .
سایر سفارشات
از دیگر سفارشات حضرت حجت(عج) به آیت الله مرعشی نجفی تأکید بر صله ی رحم و رعایت حقوق استاد و معلمین و نیز سفارش بر احترام به پدر و مادر چه زنده باشند چه مرده بوده است .