علامه سید علی آقا قاضی سفارش‌های اکیدی بر شاگردان خود داشت که نماز شب را اقامه کنند. علامه طباطبایی می‌گوید: چون به نجف اشرف برای تحصیل مشرف شدم به خاطر قرابت و خویشاوندی به محضر قاضی رفتم، روزی کنار در مدرسه‌ای ایستاده بودم که قاضی از آن جا عبور می‌کرد؛ چون به من رسید، دست خود را بر روی شانه من گذاشته و فرمود: «ای فرزند! دنیا می‌خواهی، نماز شب بخوان و آخرت می‌خواهی، نماز شب بخوان»